隨著許多重要作物(wu)及(ji)植物(wu)全基因組(zu)測(ce)序的完(wan)成,科(ke)(ke)研(yan)人(ren)員對精準、快速(su)、無損獲取植物(wu)表(biao)型(xing)(xing)信息(xi)的需求日(ri)益增(zeng)加(jia)，功能完(wan)備的表(biao)型(xing)(xing)信息(xi)采集設備和表(biao)型(xing)(xing)信息(xi)分析技(ji)(ji)術(shu)將(jiang)成為推動表(biao)型(xing)(xing)組(zu)學發展(zhan)的加(jia)速(su)器。上海(hai)農業科(ke)(ke)學院(yuan)與上海(hai)澤(ze)泉科(ke)(ke)技(ji)(ji)股份有限(xian)公司(si)，結(jie)合雙方各自的優勢，在上海(hai)農業科(ke)(ke)學院(yuan)奉賢莊(zhuang)行試驗站(zhan)共同創立(li)植物(wu)表(biao)型(xing)(xing)技(ji)(ji)術(shu)研(yan)究(jiu)(jiu)平(ping)臺(tai)。這也是(shi)省級農科(ke)(ke)院(yuan)中最具代表(biao)性的植物(wu)表(biao)型(xing)(xing)組(zu)學專(zhuan)業研(yan)究(jiu)(jiu)平(ping)臺(tai)，也是(shi)院(yuan)企合作建立(li)研(yan)究(jiu)(jiu)型(xing)(xing)平(ping)臺(tai)的創新嘗試。
上海農業科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺 | |
地址 | 上海市奉賢(xian)區(qu)葉莊公路888號上海農業(ye)科學院莊行(xing)綜(zong)合試驗站(zhan) 國家新品種(zhong)測試（上海）分中心(xin)二期基地 |
聯系人 | 徐培俊 |
實驗預約二維碼（長按/掃描識別）
“上海農業科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺”科研服務涉及的植物種類：
目前平臺已建成的大型設備：
>>高通(tong)量(liang)植物(wu)(wu)基因型-表(biao)型-育(yu)種(zhong)服務(wu)平臺，溫室型高通(tong)量(liang)植物(wu)(wu)3D表(biao)型成像系統
溫室型高(gao)通(tong)量(liang)植(zhi)(zhi)物表(biao)型平(ping)臺(tai)-Scanalyzer 3D是一套可(ke)以全自動、高(gao)通(tong)量(liang)對大量(liang)植(zhi)(zhi)株（從幼苗到成(cheng)(cheng)熟植(zhi)(zhi)株皆可(ke)）進行(xing)成(cheng)(cheng)像(xiang)(xiang)(xiang)的(de)系統。系統無需(xu)人(ren)工干預，能在可(ke)控條件下連續監測成(cheng)(cheng)千上萬的(de)植(zhi)(zhi)物。可(ke)選(xuan)VIS、NIR、IR、根系NIR成(cheng)(cheng)像(xiang)(xiang)(xiang)、熒光(guang)成(cheng)(cheng)像(xiang)(xiang)(xiang)中(zhong)的(de)一種或多種，獲得完整的(de)植(zhi)(zhi)株3D成(cheng)(cheng)像(xiang)(xiang)(xiang)信息。“上海農業科(ke)學院莊(zhuang)行(xing)試驗站-澤泉科(ke)技植(zhi)(zhi)物表(biao)型技術研究平(ping)臺(tai)”3D安裝(zhuang)了可(ke)見(jian)光(guang)（VIS）成(cheng)(cheng)像(xiang)(xiang)(xiang)和近紅外（NIR）成(cheng)(cheng)像(xiang)(xiang)(xiang)及相應的(de)分析。
目前(qian)，平臺已針對(dui)小麥、水稻、玉米、黃瓜、番茄、辣椒(jiao)、楊樹(shu)、丹參(can)等多種植物進行3D表型服(fu)務，服(fu)務內容(rong)涉及脅迫(po)生(sheng)理，生(sheng)長(chang)模型構(gou)建、生(sheng)長(chang)勢(shi)評價等領域(yu)。
● 可見光（VIS）成像可測量(liang)參數
植(zhi)株 | 葉(xie)片 | 花 | 果實(shi) |
植株(zhu)結構、冠層(ceng)(ceng)幅度、植株(zhu)高度、寬(kuan)度、密度、對(dui)稱性、葉片數量、莖(jing)稈長(chang)度、生物(wu)量、生長(chang)速率、骨架數、開展度、葉片角(jiao)(jiao)度、α角(jiao)(jiao)，葉與(yu)莖(jing)的(de)上夾角(jiao)(jiao)、冠層(ceng)(ceng)或測量偏心(xin)率、顏色分布及變化、生長(chang)速率、表型指紋(wen)圖譜 | 數(shu)量、長度、寬度、葉(xie)(xie)(xie)片(pian)(pian)(pian)面積(ji)、葉(xie)(xie)(xie)片(pian)(pian)(pian)周長、葉(xie)(xie)(xie)片(pian)(pian)(pian)顏色分布及變化、葉(xie)(xie)(xie)片(pian)(pian)(pian)病斑、葉(xie)(xie)(xie)片(pian)(pian)(pian)對稱性、葉(xie)(xie)(xie)片(pian)(pian)(pian)偏心率 | 花瓣(ban)(ban)數量、花瓣(ban)(ban)面積、花瓣(ban)(ban)顏色分(fen)布及變化、花瓣(ban)(ban)對稱性、花蕊形(xing)態(tai)、果實萼片(pian)形(xing)態(tai)分(fen)析 | 長度、寬度、面積(ji)、顏(yan)色變化、曲率、果(guo)實體積(ji)擬合、果(guo)肉 |
● 近紅外(wai)（NIR）成像可獲得植株(zhu)相對含水(shui)量分布(bu)進行(xing)水(shui)力(li)學研究、脅迫(po)生理學研究等。
服務內容： 各種植物苗期至成熟期的栽培管理、3D成像及數據處理。
>>實驗室高通量植物成像系統Scanalyzer HTS
可(ke)(ke)以全(quan)自(zi)動、高(gao)通量(liang)(liang)對大量(liang)(liang)小(xiao)(xiao)植株進行(xing)成(cheng)(cheng)像(xiang)的系統，可(ke)(ke)以選(xuan)擇配置可(ke)(ke)見(jian)光（VIS）成(cheng)(cheng)像(xiang)、近(jin)紅(hong)外(wai)(wai)（NIR）成(cheng)(cheng)像(xiang)、紅(hong)外(wai)(wai)（IR）成(cheng)(cheng)像(xiang)、熒光成(cheng)(cheng)像(xiang)或(huo)激(ji)光掃(sao)描3D成(cheng)(cheng)像(xiang)（只適合高(gao)度15cm以下的小(xiao)(xiao)植株）中(zhong)的一種或(huo)多種。系統無需人(ren)工干預(yu)，能(neng)在可(ke)(ke)控條件(jian)下連(lian)續監(jian)測成(cheng)(cheng)千上萬的植物。上海農業科學院莊行(xing)試驗站-澤泉科技(ji)植物表型技(ji)術研究平(ping)臺”HTS安裝了可(ke)(ke)見(jian)光（VIS）成(cheng)(cheng)像(xiang)、近(jin)紅(hong)外(wai)(wai)（NIR）成(cheng)(cheng)像(xiang)和紅(hong)外(wai)(wai)（IR）成(cheng)(cheng)像(xiang)及相應(ying)的分析。
目前，平臺(tai)已針對擬南芥、玉米種子、煙(yan)草蒴果、蕎麥幼苗等(deng)多種植(zhi)物進行(xing)HTS表型服務，服務內容涉及脅迫生理，生長模(mo)型構建、生長勢評價等(deng)領域。
● 可見光（VIS）成像可測量參數
植株 | 葉(xie)片 | 花 | 果實(shi) | 種子 |
植株結(jie)構、冠層幅度(du)、植株高度(du)、寬度(du)、密度(du)、對稱性、葉片(pian)數量(liang)、莖稈長度(du)、生物量(liang)、生長速(su)率(lv)、骨(gu)架數、開展度(du)、葉片(pian)角度(du)、α角，葉與莖的上(shang)夾角、冠層或(huo)測量(liang)偏(pian)心(xin)率(lv)、顏色分布及變(bian)化、生長速(su)率(lv)、表型(xing)指紋圖譜 | 數量、長(chang)度、寬度、葉(xie)片(pian)面積、葉(xie)片(pian)周長(chang)、葉(xie)片(pian)顏(yan)色分布及(ji)變化、葉(xie)片(pian)病斑、葉(xie)片(pian)對稱(cheng)性、葉(xie)片(pian)偏心(xin)率 | 花(hua)(hua)(hua)瓣(ban)數量(liang)、花(hua)(hua)(hua)瓣(ban)面積(ji)、花(hua)(hua)(hua)瓣(ban)顏色分布及變化、花(hua)(hua)(hua)瓣(ban)對稱性、花(hua)(hua)(hua)蕊(rui)形(xing)態(tai)、果實(shi)萼(e)片形(xing)態(tai)分析(xi) | 長度、寬度、面積(ji)(ji)、顏(yan)色(se)變化、曲率(lv)、果(guo)實體積(ji)(ji)擬合(he)、果(guo)肉 | 種子(zi)(zi)計數、種子(zi)(zi)形態(tai)、種子(zi)(zi)病害、結實(shi)率(lv)擬合、種子(zi)(zi)凈度(du)分析、種子(zi)(zi)發芽(ya)率(lv)、種子(zi)(zi)發芽(ya)速率(lv)、稻穗(sui)(sui)(sui)面積(ji)、稻穗(sui)(sui)(sui)顏色、稻穗(sui)(sui)(sui)長(chang)度(du)、稻穗(sui)(sui)(sui)最(zui)大長(chang)度(du)、稻穗(sui)(sui)(sui)結構、稻穗(sui)(sui)(sui)骨(gu)架 |
● 近紅外（NIR）成像可獲得植株相對含水量分布進行水力學研究、脅迫生理學研究等。
● 紅外（IR）成像可獲得植株相對溫度分布等。
服務內容：各種植物苗期至成熟期的栽培管理、HTS成像及數據處理。
>>高通量(liang)植物基(ji)因(yin)型(xing)-表(biao)型(xing)-育種(zhong)服務平臺室，高通量(liang)基(ji)因(yin)分型(xing)系統
AgriphenoTM高通量基因分型檢測平臺包括高通量Oktopure DNA提取儀、Nexar
模塊化(hua)內聯(lian)液處理(li)與分(fen)析(xi)系統、Soellex高通量PCR水浴(yu)熱循(xun)環系統和Araya內聯熒光(guang)檢測系(xi)統。
模塊化(hua)內聯(lian)液處理(li)與分(fen)析(xi)系統、Soellex高通量PCR水浴(yu)熱循(xun)環系統和Araya內聯熒光(guang)檢測系(xi)統。Oktopure DNA提取(qu)(qu)儀(yi)采用(yong)(yong)(yong)磁珠的(de)(de)方法提取(qu)(qu)DNA，通量達到800個樣本/3小時。同時，適用(yong)(yong)(yong)于(yu)多(duo)種樣本類型的(de)(de)DNA提取(qu)(qu)，包括植物(wu)葉片、種子(zi)，毛發(fa)、血方卡(ka)、精液、口拭子(zi)、唾(tuo)液、組織等。提取(qu)(qu)的(de)(de)DNA適用(yong)(yong)(yong)于(yu)多(duo)種下游應用(yong)(yong)(yong)，如基因分型、一代測(ce)序(xu)(xu)、二代測(ce)序(xu)(xu)等。
Nexar高通量(liang)吸取樣品DNA和引物、mix至384孔(kong)卷(juan)帶并封膜。Soellex對封膜完(wan)成的卷(juan)帶進行PCR水浴熱循環(huan)，每次(ci)最多可(ke)達230,000個樣本(ben)。Araya對水浴完(wan)成的卷(juan)帶掃描(miao)分析，28秒(miao)掃描(miao)一(yi)張卷(juan)帶。
AgriphenoTM基因分型采用KASP（Kompetitive Allele Specific PCR）原理，對目標SNPs和InDels進行精準的雙等位基因分型。反應體系僅1.6 μl，具有高通量、低成本，準確率和檢出率接近100%的明顯優勢。
“上海農業科學院莊行試驗站-澤泉科技植物表型技術研究平臺”將面向長三角科研院所及育種企業提供共享式的開放服務，目前已可以提供植物生理學、農業科學、植物病理學、遺傳育種、突變株篩選、植物形態建模、植物脅迫生理學、植物水力學等研究。
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