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Science封面文章:葡萄演化中的雙重馴化和性狀起源
日期:2023-03-22 21:08:29

葡(pu)萄(tao)(tao)(tao),是(shi)全世界(jie)最為廣泛種(zhong)植(zhi)的(de)經(jing)濟作(zuo)物(wu)之一,作(zuo)為水果、釀酒(jiu)原料,葡(pu)萄(tao)(tao)(tao)種(zhong)植(zhi)始終伴隨(sui)人類文明。那么,人類最早栽種(zhong)葡(pu)萄(tao)(tao)(tao)的(de)時間(jian)是(shi)什么時候(hou)?釀酒(jiu)葡(pu)萄(tao)(tao)(tao)和鮮食葡(pu)萄(tao)(tao)(tao)的(de)起(qi)源一樣嗎?這些問題(ti)的(de)答案,學(xue)術界(jie)此前(qian)一直(zhi)多有爭論。

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云南(nan)農業(ye)大學(xue)作為(wei)第一(yi)單位(wei)在《Science》上發表題目(mu)為(wei)“Dual domestications and origin of traits in grapevine evolution”的(de)文章(zhang),該研究由云南農業大學牽頭,匯集26個國家和地區70多名科學家完成的大型國際合作項目,形成了葡萄起源、遷徙、品種分化研究領域的多個重要結論,為葡萄基因組輔助育種、品種溯源提供了重要參考數據集,對葡萄種質資源挖掘,推動產業發展具有重大意義,標志著我國葡萄生物資源研究達到世界領先地位。該論(lun)(lun)文被(bei)Science選為(wei)當期封(feng)面論(lun)(lun)文,并受邀參加2023年3月Science期刊年會推薦論(lun)(lun)文。Science同期還刊發了題為(wei)“Two domestications for grapes”的評論(lun)(lun)文章,對該研究進行(xing)了介(jie)紹并給予了高(gao)度評價。

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該研究成果提出和闡釋了(le)幾個重(zhong)要觀(guan)點:

1、論證栽培葡(pu)萄起(qi)源的時(shi)間大約在距(ju)今1.1萬年前,遠比此前人(ren)類(lei)認知的(de)起源時間(jian)要(yao)早,表明葡萄是最早馴化的(de)水果,為研(yan)究(jiu)作(zuo)物起源馴化、葡萄栽(zai)培考古學研(yan)究(jiu)提供了重要(yao)線索

2、揭(jie)示栽培葡萄(tao)馴化中心為兩(liang)個(ge),為雙起源(yuan)中心模式,糾正了此(ci)前(qian)的單起源中心理(li)論(lun),是葡萄研究(jiu)的重要里程碑結(jie)果;

3、證(zheng)明釀酒(jiu)葡萄和鮮食葡萄在不同(tong)區域(yu)同(tong)時起(qi)源,并且起源(yuan)初期遺傳背景就具有重大的差異,徹底解決了學術界(jie)對鮮食葡(pu)萄和釀酒葡(pu)萄起源(yuan)長達數百年的爭(zheng)議;

4、構建幾乎覆蓋所有栽培葡萄(tao)遺傳資源高精(jing)度(du)親緣關系譜系圖,可以實現葡萄品種(zhong)的定向育(yu)種(zhong)和設計育(yu)種(zhong);

5、發現(xian)了大量的(de)葡萄人工馴化形狀控(kong)制基因,特別是找到了釀酒葡萄和鮮食葡萄人工(gong)馴化的差(cha)異基因,為葡萄功能基因組學研(yan)究(jiu)和育種提供素(su)材;

6、在此研究(jiu)基礎上,結合人類活動、歷史氣候(hou)變遷(qian)等因素(su),繪制了葡萄起源和人工馴化、改良的全景圖

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栽培(pei)葡萄起源(yuan)、馴化(hua)、擴(kuo)散全景圖

上述研究(jiu)解決了葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)研究(jiu)領域的(de)諸多爭議,我(wo)國是(shi)世界鮮(xian)食葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)的(de)重(zhong)要產區,云南(nan)是(shi)我(wo)國重(zhong)要的(de)早熟鮮(xian)食葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)產區,但葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)產業(ye)發展卻因(yin)(yin)“種(zhong)業(ye)”問(wen)題受制(zhi)于人。立足該成(cheng)果(guo)對(dui)葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)的(de)經濟性狀控制(zhi)基因(yin)(yin)的(de)全面解析(xi),可建(jian)立葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)基因(yin)(yin)組輔助育種(zhong)技術,在短期內突破(po)葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)種(zhong)業(ye)難題,為我(wo)國葡(pu)(pu)萄(tao)(tao)(tao)產業(ye)高質(zhi)量發展保駕護航。

綜上所述,該研究通過大量測序、全(quan)基(ji)因(yin)組關聯分析等(deng)技術手段解釋了葡萄的(de)馴(xun)化起源,對葡萄育種有著里程碑式的(de)意(yi)義。

—— 參考文獻 ——
1 Dong Y, Duan S, Xia Q, et al[J]. Science, 2023, 379(6635): 892-901.

2 Allaby RG[J]. Science, 2023, 379(6635): 880-881.

Agripheno?高通量基因分型檢測平臺

Agripheno?高通量基因分型檢測平臺包括高通量Oktopure DNA提取儀、Nexar?模塊化內聯液處理與分析系統、Soellex?高通量PCR水浴熱循環系統和Araya?內聯熒光檢測系統。Oktopure DNA提取儀采用磁珠的方法提取DNA,通量達到800個樣本/3小時。同時,適用于多種樣本類型的DNA提取,包括植物葉片、種子,毛發、血方卡、精液、口拭子、唾液、組織等。提取的DNA適用于多種下游應用,如基因分型、一代測序、二代測序等。Nexar高通量吸取樣品DNA和引物、mix至384孔卷帶并封膜。Soellex對封膜完成的卷帶進行PCR水浴熱循環,每次最多可達230,000個樣本。Araya對水浴完成的卷帶掃描分析,28秒掃描一張卷帶。Agripheno?基因分型采用KASP(Kompetitive Allele Specific PCR)原理,對目標SNPs和InDels進行精準的雙等位基因分型。反應體系僅1.6μl,具有高通量、低成本,準確率和檢出率接近100%的明顯優勢。

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服務流程及特點:

● 客(ke)戶須提供(gong)每個位點至少(shao)10個陽(yang)性(xing)對照
● 服務周期引(yin)物測試完(wan)成后,每批(pi)樣品一周內出結(jie)果
● 服務特點:高通量、低成本、快速準確(que)

DNA提取服務

針對玉米(mi)、大豆(dou)及水稻等作物的不同組織(zhi)/器官(葉片、種子等),利用(yong)標準的SDS/CTAB法(fa)和磁珠法(fa)開展(zhan)DNA提取工(gong)作,可實現單日(ri)普通質(zhi)量10,000份和高質(zhi)量5,000份的DNA提取。
分子標記開發與(yu)檢測(ce)服務

根據(ju)目(mu)標(biao)DNA/基因(yin)序列,可(ke)(ke)開(kai)發高效(xiao)的分(fen)子標(biao)記(ji)(SNP-KASP、SSR等),并可(ke)(ke)實現單(dan)日最高一萬(wan)SSR數(shu)據(ju)點(dian),以及(ji)數(shu)以十萬(wan)計(ji)的SNP數(shu)據(ju)點(dian)檢(jian)測。

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芯(xin)片(pian)檢測服務(wu)
基(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)(zu)育種芯(xin)片是(shi)將大(da)規模的(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)(zu)測(ce)(ce)(ce)序、功能基(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)(zu)研(yan)究(jiu)的(de)最(zui)新成果(guo)與國(guo)際最(zui)先進的(de)SNP芯(xin)片技(ji)術相結合,構建的(de)服務(wu)于(yu)育種的(de)基(ji)(ji)因(yin)(yin)組(zu)(zu)(zu)技(ji)術工(gong)具。目前,種業芯(xin)片檢測(ce)(ce)(ce)平(ping)臺,可以提供依托于(yu)Affymetrix基(ji)(ji)因(yin)(yin)芯(xin)片平(ping)臺的(de)固相芯(xin)片檢測(ce)(ce)(ce)服務(wu)(如Maize-6H60K、Maize-6H90K、Soybean-180K等)、以及依托于(yu)華大(da)智造MGISEQ-2000檢測(ce)(ce)(ce)平(ping)臺的(de)液(ye)相芯(xin)片檢測(ce)(ce)(ce)服務(wu)。
兩大檢測平臺技術路線如下:
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靶向測序服務

靶(ba)向測(ce)序技術(shu)(shu)主要分為(wei)基(ji)于(yu)多重PCR的靶(ba)向基(ji)因(yin)捕獲技術(shu)(shu)(GenoPlexs)和基(ji)于(yu)液相探針雜(za)交(jiao)的靶(ba)向基(ji)因(yin)捕獲技術(shu)(shu)(GenoBaits)兩種(zhong)。可完成單(dan)樣(yang)品(pin)50-5000和3000-40000標記的基(ji)因(yin)型分析,并達(da)到可設計區(qu)域覆蓋度高(gao)于(yu)95%,擴增子均一性高(gao)于(yu)90%的捕獲效(xiao)率。

GenoPlex基(ji)于(yu)多重PCR的靶向基(ji)因捕獲技術方案(an)

GenoBaits基(ji)于(yu)液相探針雜交的靶向基(ji)因捕獲技術(shu)方案

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